Quá trình tiến hóa của con người thường phải mất hàng ngàn, hàng vạn năm. Nhưng đôi khi sự tiến hóa lại có những bước nhảy vọt. Kết quả là những dị nhân với bộ gen bị đột biến ra đời. Họ có thể mang hình dáng bình thường như mọi người nhưng đến một lúc nào đó những khả năng phi thường của họ sẽ bộc lộ ra ngoài..

Người sói Wolverine là một dị nhân có bộ móng vuốt sắc nhọn và khả năng tự lành vết thương nhanh chóng. Còn Rogue có thể hút cạn năng lượng của người khác. Đau khổ khi phát hiện ra những dị năng khác người của mình, họ bỏ nhà ra đi và tình cờ gặp nhau.

Trong một lần bị tấn công, họ may mắn được giáo sư Charles Xavier giải cứu. Giáo sư Xavier là người đọc được suy nghĩ của người khác và có thể dùng ý chí điều khiển hành động của họ. Ông mở một trường học dành riêng cho những người đột biến. Là một người yêu chuộng hòa bình, ông dạy cho các học trò của mình biết cách điều khiển và sử dụng những khả năng đặc biệt vì cuộc sống của loài người trên trái đất.

Tuy nhiên, trong mắt những người bình thường thì hội X-Men chỉ gồm toàn những quái nhân khủng khiếp rất đáng khinh. Đi đầu trong phong trào chống lại các dị nhân là thượng nghị sĩ Robert Kelly, người luôn tích cực ủng hộ việc thông qua đạo luật buộc người đột biến phải lộ diện để chính quyền dễ quản lý. Khó khăn lại càng đè nặng lên đôi vai giáo sư Xavier vì ông còn phải tìm cách giải quyết mối xung đột với nhóm X-Men do Magneto cầm đầu.

Với tham vọng thống trị thế giới, Magneto cùng thuộc hạ âm mưu sử dụng một cỗ máy đặc biệt để làm đột biến gen toàn nhân loại, để cho mọi người trên trái đất này không còn một ai dám khinh rẻ các dị nhân...